為因應世界潮流、國家發展，以及培育生技人才，本校申請設立生物科技系暨研究所，並奉教育部核准於九十三學年度正式招收四技及碩士班學生。
本系所整合校內對生物科學相關研究有興趣之同仁，共同將不同領域的專長應用在生命科學的研究上。課程設計涵蓋食品、中草藥、生技藥品、生物科技產品，動物疫苗及佐劑，減少幽門桿菌之Igy之研發及環境生技農業生技等生物技術與研究方法。
本系所旨在培育具理論與實務操作經驗的食品、中草藥、動物用疫苗、農業及生技香妝等生物科技專業人才，配合國家推動農業生物科技及醫療衛生保健科技政策，以及落實區域性生物科技產業上的研發與應用。
期望結合本校中草藥、健康食品、動物疫苗、免疫加強劑藥劑研發農業生技、香妝生技等相關之傑出研究人才、整合(南)台灣學術界與業界之研發，開發中草藥與健康食品及生物科技產品等相關資源。畢業生就業管道包括公民營各醫、藥、環境、農業生技產品及民生產品等生技產業相關之機構，欲進修者，可報考國外各大學之相關研究所。
目前本系所之主要教學及研究設備有螢光顯微鏡及電腦顯相系統、倒立顯微鏡及照相系統、Real-time PCR、超音波擊碎器、PCR儀器、蛋白質電泳設備、核酸電泳槽、半乾式轉漬系統、發酵槽、超高速離心機、高效液相層析儀、氣相層析儀、振盪式恆溫箱、分光光度計、CO2培養箱、無菌操作台、微量吸量管、高壓滅菌器、數位DNA照相系統、ELISA判讀器等設備。